Манагуа образовался в 1819 году как сельско-рыбацкая деревня Leal Villa de Santiago de Managua, в 1852 году благодаря своему выгодному месторасположению между двумя конкурирующими городами León и Granada был объявлен столицей Никарагуа и департамента с тем же названием. Город стал свидетелем появления и падения политических направлений в Никарагуа и перенес два разрушительных землетрясения в течение 20-ого столетия.

В Манагуа, как и на большей части Западного Никарагуа (за исключением Горных цепей) тропический климат с постоянной температурой 28-32 градуса по Цельсию.

Манагуа расположен на южных берегах Озера Манагуа (известно как озеро Xolotlán). В озере Xolotlаn те же самые разновидности рыб, что и в озере Cocibolca за исключением пресноводных акул найденных в последнем.

В городской черте расположены четыре лагуны:

Tiscapa к югу от старого центра города; имеет вулканическое происхождение и была сформирована приблизительно 10 000 лет назад.

Лагуна Asososca на западе является самым важным источником питьевой воды в Манагуа.

Лагуна Nejapa, к югу от лагуны Asososca.

Лагуна Acahualinca на северо-западе. Эта лагуна известна своим мелководьем.